قبل فيرغسون عرضاً لتدريب نادي مانشستر يونايتد عام 1986 خلفاً للمدرب رون اتكينسون، ورغم الأداء المميز خلال موسمه الأول وضمانه وصافة الدوري، شهد الموسم الثاني سقوطاً كبيراً باحتلال مانشستر يونايتد المركز الـ 11 في الدوري.
يعتبر السير مدرب اسطوري،عندما جاء الى مانشستر يونايتد عام 1986 ليبدأ بكتابة فصل جديد بتاريخ هذا النادي محققاً معه كل الألقاب الممكنة ومتخطياً الغريم التقليدي ليفربول بعدد الألقاب بالدوري الإنجليزي.
لم يكن الموسم الثالث أفضل حالاً بالنسبة للسير، فزادت الانتقادات والمطالبة بإقالة المدرب وتعيين مدرباً اخر، غير أن الإدارة أصرت على بقائه رغم النتائج السيئة.
كان الموسم الرابع حاسماً بالنسبة للمدرب والفريق، تبدلت نتائج الفريق وفاز بلقب كأس الاتحاد الإنجليزي وفرض نفسه منافساً شرساً على الألقاب، ما خفف من ضغط الجمهور الذي بدأ يهلل للمدرب.
استمرت النتائج المميزة على المستوى الإنجليزي والأوروبي، وفاز فيرغسون بكأس الرابطة الإنجليزية للمحترفين في موسم 1991-1992، وفي الموسم الثاني فاز أخيراً بلقب الدوري الإنجليزي وهو لقب غاب عن الفريق منذ موسم 1966-1967.
في موسم 1993-1994، حقق مانشستر يونايتد الثنائية، وسيطر بعدها على الدوري خلال مواسم 1995-1996 و1996-1997، ثم 1998-1999 و1999-2000، و2000-2001، و2002-2003، و2006-2007، و2007-2008، و2008-2009، و2010-2011، و2012-2013.
كما فاز بكأس الاتحاد الإنجليزي خلال مواسم 1989-1990، و1993-1994، و1995-1996، و1998-1999، و2003-2004.
وفاز النادي ايضاً مع السير بكأس الرابطة الإنجليزية للمحترفين أربع مرات، وبدوري أبطال أوروبا مرتين، وكأس السوبر الأوروبية مرة واحدة، وكأس الكؤوس الأوروبية وكأس العالم للأندية أيضا مرة واحدة.
فيرغسون حقق ثلاثية تاريخية في موسم 1998-1999، بفوزه بدوري ابطال أوروبا والدوري الإنجليزي وكأس الاتحاد الإنجليزي.
قرر السير اليكس فيرغسون اعتزال التدريب نهائياً وأعلن ذلك في 8 مايو 2013، لينهي بذلك مسيرة مشعة بالألقاب والإنجازات، شهدت اكتشاف الكثير من النجوم الذين برزوا مع مانشستر يونايتد وغيرها من الفريق أمثال كريستيانو رونالدو وديفيد بيكهام وبول سكولز وراين غيغز ووين روني وغيرهم من النجوم.
